E’ una della maggiori Aziende sanitarie in Italia per dimensioni e complessità assistenziale. Il suo territorio comprende 50 comuni su un’area di 3.000 chilometri quadrati circa, per una popolazione di oltre 850.000 abitanti (poco meno di un quinto del totale dell’Emilia Romagna), con oltre il 23% di over 65nni, circa l’8% di ultraottantenni e l’11% di residenti stranieri.
Novità assoluta nel panorama italiano, l’Azienda è sede di un IRCCS, l’Istituto delle Scienze Neurologiche di Bologna, che grazie allo stretto collegamento con l’assistenza clinica e territoriale può garantire il meglio della ricerca, della formazione, delle cure e della assistenza, all'interno di percorsi completi di presa in carico del paziente.
L’Azienda è articolata in 6 distretti territoriali, che vanno dalla pianura all’Appennino bolognese, passando per il distretto urbano della città di Bologna, 7 dipartimenti ospedalieri, 4 territoriali e 4 trasversali all’intera organizzazione aziendale, e ha al suo interno 9 presidi ospedalieri, 4 Case della Salute, 54 poliambulatori. Al suo interno operano oltre 8.200 professionisti, più di 1.300 dei quali medici e 4.100 operatori assistenziali, ai quali si aggiungono 588 medici di medicina generale e 122 pediatri di libera scelta, oltre a 349 tra medici specialisti ambulatoriali e di continuità assistenziale. Quasi 72.000 i pazienti dimessi, più di 24.000 gli interventi chirurgici, circa 11.000.000 le prestazioni sanitarie di laboratorio, diagnostiche, riabilitative e le visite di controllo, oltre 3.800 i parti, poco più di 237.000 gli accessi ai pronto soccorso, generali e specialistici, nel 2013.
Il suo bilancio annuale supera i 1.700 milioni di euro (quasi il 22% del bilancio sanitario complessivo della Regione Emilia Romagna).
Tra i 9 presidi ospedalieri presenti all’interno della Azienda USL di Bologna, due hanno sede  in  città, il Maggiore e il Bellaria.
L’Ospedale Maggiore di Bologna, da sempre l’ospedale dei Bolognesi, è sede di alcune aree di eccellenza come il Trauma Center, la Stroke Unit e la Cardiologia, che ne fanno uno dei maggiori ospedali italiani nelle aree dell’emergenza-urgenza per casistica trattata, qualità della assistenza e risultati. Una attività condotta in rete con l’Istituto Ortopedico Rizzoli, l’Ospedale S.Orsola-Malpighi, l’Ospedale Bellaria e tutti i presidi ospedalieri dell’area metropolitana. Questa spiccata vocazione al trattamento della emergenza-urgenza non ha impedito, peraltro, al Maggiore di sviluppare progressivamente una forte integrazione con le strutture assistenziali del territorio, realizzando percorsi di presa in carico del cittadino che vanno dall’intervento del 118 sino al ritorno a casa o all’affidamento alle strutture distrettuali.
Il Bellaria è un ospedale plurispecialistico per la Neurologia, l’Oncologia e la Riabilitazione,  sede dell’I.R.C.C.S., Istituto delle Scienze Neurologiche di Bologna, centro di riferimento nazionale e internazionale per le Neuroscienze. E’ un polo di riferimento oncologico per la cura e l’assistenza alle donne con neoplasia al seno, con la Breast Unit, e per la chirurgia del sistema nervoso centrale, del basi-cranio e del maxillo-facciale, ed è parte, insieme al Maggiore e al S. Orsola, della rete metropolitana della chirurgia oncologica del polmone. La complessità clinica e assistenziale delle patologie trattate ha favorito lo sviluppo di una specifica vocazione per la riabilitazione e il recupero, sin dalle prime fasi del ricovero, delle disabilità legate alle patologie trattate, con percorsi specialistici che accompagnano il paziente sino al ritorno a casa. Oncologia, Cardiologia, Neurologia e Pneumologia sono le discipline principalmente coinvolte dai percorsi di riabilitazione.
L’IRCCS delle Scienze Neurologiche di Bologna è nato nel 2011 dalla collaborazione tra strutture del Servizio Sanitario Nazionale e dell’Università di Bologna. Il profilo di eccellenza nella ricerca e nella clinica si esprime, in particolare, in tre ambiti: le patologie neurodegenerative e dei disordini del movimento, con lo studio, tra l’altro, della malattia di Parkinson, delle demenze, delle malattie da prioni, delle malattie mitocondriali, della Sclerosi multipla, della SLA; la medicina del sonno e dei ritmi biologici, con la ricerca sugli aspetti neurofisiologici, genetici, clinici e sociali, e particolare attenzione per le forme rare, come la narcolessia; le epilessie, indagate a tutto campo, dalla caratterizzazione genetica dei casi familiari alla definizione anatomo-clinica delle crisi, ai diversi approcci terapeutici, compreso il trattamento chirurgico dei casi farmaco-resistenti.