L’Azienda Sanitaria Locale BR di Brindisi nasce nel 1995 a seguito dell’accorpamento delle sei ex UU.SS.LL presenti nella provincia di Brindisi. Nel corso del 1996 l’Ospedale “A. Di Summa” di Brindisi, scorporato dall’Azienda Sanitaria, diviene Azienda Ospedaliera. Negli anni successivi si consolida il nuovo modello gestionale ed organizzativo derivante  dal processo di aziendalizzazione della seconda Riforma della Sanità.

Nel 2002 viene nuovamente modificato l’assetto organizzativo dell’Azienda mediante fusione per incorporazione dell'ex A.O. “A. Di Summa”, comprendente anche il Centro Motulesi e Neurolesi di Ceglie Messapica. I presidi ospedalieri vengono ridotti da sei a tre, secondo la finalità di superare la frammentazione dei presidi a favore dell’alta specialità, e i Distretti Socio-Sanitari da sei a quattro.

Provvedimenti regionali successivi, con particolare riferimento alla Legge n. 25 del 3.08.2006 “Principi e organizzazione del Servizio sanitario regionale”, hanno influito sull’organizzazione interna delle Aziende Sanitarie.