La Fondazione Istituto San Raffaele G. Giglio di Cefalù, oggi Fondazione Istituto G. Giglio di Cefalù, veniva istituita il 17 gennaio del 2003 attraverso una joint venture tra la Regione Siciliana, il Comune di Cefalù, l'Azienda USL 6 di Palermo, oggi Asp, e la Fondazione San Raffaele del Monte Tabor di Milano.
Rappresentava uno dei primi modelli in Italia di sperimentazione pubblica-privata per la gestione di un ospedale pubblico, secondo quanto previsto dall'articolo 9 bis della legge n. 502 del 1992.
Era stata costituita con l'obiettivo di trasformare l'ospedale Giuseppe Giglio in centro di eccellenza, di ricerca, di alta specializzazione a prevalenza oncologica ma non esclusiva, attraverso il trasferimento del know-how dal San Raffaele di Milano. Nata anche con lo scopo di ridurre la mobilità sanitaria passiva dalla Sicilia verso altre regioni. Come per il San Raffaele di Milano anche a Cefalù la mission è indirizzata su tre direttrici: clinica, ricerca e formazione.
Ai vertici della Fondazione siedeva un consiglio di amministrazione composto da cinque membri, tre di nomina pubblica e due di nomina privata. Il direttore generale è nominato dal Consiglio di Amministrazione su designazione del San Raffaele di Milano.
La sperimentazione gestionale con il Centro San Raffaele del Monte Tabor si concludeva il 2 luglio del 2013 come da espressa deliberazione della Giunta Regionale (delibera n. 237).
Il 24 gennaio del 2013 il Consiglio di Amministrazione veniva commissariato e l'Assessore Regionale alla Salute nominava Commissario il dottor Antonino Mangiacavallo. La decisione era stata assunta dai soci pubblici a seguito della comunicazione del 16.05.2012 in cui la nuova proprietà di Ospedale San Raffaele Milano, comunicava il recesso della convenzione, ritenendosi di fatto conclusa la sperimentazione gestionale.
Il 24 dicembre 2013 la Giunta Regionale approvava con delibera le modifiche allo statuto della Fondazione nominava, a far data dal 1 gennaio 2014, commissario straordinario il dott. Giuseppe Ferrara, già direttore sanitario dell’ospedale di Cefalù. Funzione che ha mantenuto ad interim.
Ferrara ha cessato le funzioni di Commissario straordinario in data 13.05.2015 con l'insediamento del Consiglio di Amministrazione e del presidente dott. Giovanni Albano.
Il presidente della Fondazione, con il nuovo Statuto, viene designato dal presidente della Regione.
I soci fondatori della Fondazione che ha assunto la denominazione di "Istituto G. Giglio di Cefalù" sono la: Regione Siciliana, Comune di Cefalù, Asp di Palermo, a cui si aggiungo i nuovi ARNAS Civico G. Di Cristina Benfratelli di Palermo e l'Azienda Ospedaliera Ospedali riuniti Villa Sofia - Cervello di Palermo.